OS	デフォルトのディレクトリ
Windows	%USERPROFILE%.cloudflared
macOS, Unix系システム （上から順に）	~/.cloudflared, /etc/cloudflared, /usr/local/etc/cloudflared

公式ドキュメントを見ると、~/すなわち/home/[ユーザ名]/の隠しディレクトリ/.cloudflared/が最初に選ばれるように書かれています。

しかし、cloudflaredの起動オプションをつけない限り/etc/cloudflared/config.ymlがないとcloudflared.serviceが動かない気がします。

何度か試したのですが、/etc/cloudflared/ディレクトリだけ作っても~/.cloudflared/config.ymlが利用されることはなく、エラーが出ました。